Troubleshooting
Problém
Príčina
Riešenie
Nízky výťažok
Vzorka bola skladovaná nevhodným spôsobom
Materiál na izoláciu RNA nebol okamžite zmrazený v tekutom dusíku alebo uchovaný v RNA later-i
Nekompletná homogenizácia
Kompletná homogenizácia tkaniva/vzorky. Lýza buniek nemôže prebehnúť dostatočne, ak materiál nie je kompletne zhomogenizovaný
RNA degradácia
Tkanivá neboli ihneď spracované
Tkanivá a bunky treba spracovať okamžite
Vzorky tkaniva alebo buniek pred izoláciou RNA zmrazovať v tekutom dusíku
Použiť RNA later na skladovanie vzoriek
Nevhodné podmienky pri izolácii RNA
Všetky kroky extrakcie RNA treba vykonávať na ľade/vrátane centrifugácie (pri 4°C)
Kontaminácia Rnázami
Pridávať DEPC do vody, ktorá sa používa pri izolácii RNA a jej rozpúšťaní
“Rnase-free” materiál a roztoky
Používať čisté rukavice, čistý priestor, pipety vyhradené len na prácu s RNA a filtrované špičky
Izolovaná RNA bola uložená pri nevhodnej teplote
Vzorky RNA treba uchovávať pri maximálne -80°C
DNA komtaminácia
Nevhodné pH pri extrakcii fenolom
Treba skontrolovať pH roztokov. Počas extrakcii fenolom musí byť pH 4-6 (kyslé), inak DNA nesotáva v organickej fáze, ale dostáva sa do vodnej fázy spolu s RNA
Pri fenolovej extrakcii bola vodná fáza kontaminovaná interfázou alebo organickou fázou
Použiť Dnázy