Polymerázová reťazová reakcia (PCR) - virologické metódy

Polymerázová reťazová reakcia (PCR)

PCR – 1

PCR – 2

PCR – 3

PCR – 4

PCR – 5

PCR – 6

PCR – 7

PCR – 8

PCR – 9

PCR – 10

PCR – 11

PCR – 12

PCR – 13

PCR – 1
PCR – 1
PCR
PCR – 2
PCR – 2
PCR
PCR – 3
PCR – 3
PCR
PCR – 4
PCR – 4
PCR
PCR – 5
PCR – 5
PCR
PCR – 6
PCR – 6
PCR
PCR – 7
PCR – 7
PCR
PCR – 8
PCR – 8
PCR
PCR – 9
PCR – 9
PCR
PCR – 10
PCR – 10
PCR
PCR – 11
PCR – 11
PCR
PCR – 12
PCR – 12
PCR
PCR – 13
PCR – 13
PCR

Využitie PCR vo virológii

Využitie PCR vo virológii – 1

Využitie PCR vo virológii – 2

Využitie PCR vo virológii – 3

Využitie PCR vo virológii – 4

Využitie PCR vo virológii – 5

Využitie PCR vo virológii – 6

Využitie PCR vo virológii – 7

Využitie PCR vo virológii – 1
Využitie PCR vo virológii – 1
Využitie PCR vo virológii
Využitie PCR vo virológii – 2
Využitie PCR vo virológii – 2
Využitie PCR vo virológii
Využitie PCR vo virológii – 3
Využitie PCR vo virológii – 3
Využitie PCR vo virológii
Využitie PCR vo virológii – 4
Využitie PCR vo virológii – 4
Využitie PCR vo virológii
Využitie PCR vo virológii – 5
Využitie PCR vo virológii – 5
Využitie PCR vo virológii
Využitie PCR vo virológii – 6
Využitie PCR vo virológii – 6
Využitie PCR vo virológii
Využitie PCR vo virológii – 7
Využitie PCR vo virológii – 7
Využitie PCR vo virológii

Troubleshooting

Problém

Príčina

Riešenie

Žiadny alebo slabý produkt

Problém pri nasadaní primerov

Zníženie anelačnej teploty

Zkontrolovať správnosť primerov

Zvýšenie koncentrácie primerov

Predĺžiť aneláciu v teplotnom programe

Navrhnúť nový primer

Nedostatok Taq polymerázy

Pridať viac Taq polymerázy

Problém s templátom

Zvýšiť množstvo templátu

Skontrolovať koncentráciu DNA elektroforeticky alebo spektrofotometricky, či obsahuje dostatok DNA a či nie je kontaminovaná inhibítormi PCR reakcie.

Uchovávať templát (DNA) v TE roztoku, pri -20°C, aby nedegradovala

Nevhodná koncentrácia dNTP

Zvýšiť koncentráciu dNTP

Nevhodná koncentrácia chloridov v PCR buffri

Optimalizovať koncentráciu KCl alebo MgCl2 v reakčnom roztoku

Zle nastavený PCR program

Skontrolovať teplotný program, anelačné teploty, čas polymerizácie (1 min./1000 bp produktu), navýšiť počet cyklov

Nešpecifické produkty

Problém pri nasadaní primerov

Znížiť čas nasadania primerov

Znížiť koncentráciu primerov

Zvýšiť teplotu nasadania primerov

Navrhnúť nové primery (dlhšie a špecifickejšie, nenavrhovať primer bohatý na GC bázy na 3´-konci)

Problém s PCR buffrom

Zmeniť koncentráciu MgCl2 a KCl

Problém s Taq polymerázou

Znížiť množstvo Taq polymerázy

Použiť Hot Start polymerázu

Kontaminácia exogénnou DNA

Pripravovať reakciu v PCR boxe, používať na to určené pipety, a čisté špičky, nosiť rukavice pri práci s DNA

Nevhodná koncentrácia templátu

Kvantifikovať množstvo DNA, použiť vhodnú koncentrácie DNA do reakcie; 1pg-10ng (plazmidy, BAC) alebo 1ng-1ug (genomická DNA)